Herramientas Fasta
Ahora puede exportar regiones genómicas desde Wormbase directamente: En el botón del menú desplegable de la parte superior derecha, seleccione «Download Track Data». Haga clic en el botón «Configurar…». Volcar las características seleccionadas utilizando la versión 3 A través de la región actualmente visible. Marque «Guardar en archivo». Marque «Incluir secuencia de ADN». Desmarque «Incluir datos de configuración de pista». Haga clic en «Ir». Abra el archivo .gff resultante en el último ApE.
Alternativamente, puede exportar una región genómica (desde el visor del genoma) como un archivo con formato FASTA (utilizando el menú de la parte superior izquierda). Puede añadir las pistas de características descargando los archivos de pistas de características GFF3 utilizando el mismo menú. En ApE, abra el archivo FASTA y luego utilice el menú de características para abrir la información de las pistas GFF3.
Otra forma de hacerlo es tomar el modelo del gen (de una página de genes), pegarlo en una ventana de ApE y luego seleccionar todo, hacer una nueva característica (menú Características), y en la ventana de edición de características que aparece presionar el botón «sólo mayúsculas».
Formato de la cabecera de Fasta
Genome2D Genome Tools (Dra. Anne de Jong, Genética Molecular, Universidad de Groningen, Países Bajos) – este es mi sitio de referencia para todo tipo de análisis. En «Genome Tools» seleccione «Conversions». Esto le permitirá convertir un archivo plano de GenBank (gbk) a GFF (Formato de Características Generales, tabla), CDS (secuencias codificantes), Proteínas (Aminoácidos FASTA, faa), Secuencia de ADN (formato Fasta).
Galaxy es una plataforma abierta, basada en la web, para la investigación biomédica computacional accesible, reproducible y transparente. Este servidor web pone a disposición de cualquier científico herramientas de análisis, datos genómicos, demostraciones tutoriales, espacios de trabajo persistentes y servicios de publicación. Dispone de una amplia documentación de usuario aplicable a cualquier instancia pública o local de Galaxy. Ofrece una enorme variedad de herramientas de análisis e interconversión de archivos.
Readseq, desarrollado por D.G. Gilbert (Universidad de Indiana), lee y convierte biosecuencias entre una selección de formatos de secuencias biológicas comunes, incluyendo EMBL, GenBank y formatos de secuencias fasta.
Cómo obtener la secuencia en formato fasta
Importante: póngase en contacto o visite el sitio web oficial de la Universidad FASTA para obtener información detallada sobre las áreas de estudio y los niveles de titulación que se ofrecen actualmente; la anterior Matriz de áreas de estudio/niveles de titulación de uniRank™ es meramente indicativa y puede no estar actualizada o completa.
Importante: la anterior Matriz de la Gama de Matrículas de uniRank™ no incluye el alojamiento, la manutención ni otros costes externos; la matrícula puede variar según las áreas de estudio, el nivel de la titulación, la nacionalidad o la residencia del estudiante y otros criterios. Por favor, póngase en contacto con la oficina de la Universidad FASTA correspondiente para obtener información detallada sobre las matrículas anuales que se aplican a su situación e interés de estudio específicos; la Matriz de la Gama de Matrículas de uniRank™ anterior es sólo indicativa y puede no estar actualizada o completa.
Importante: la política de admisión y la tasa de aceptación pueden variar según las áreas de estudio, el nivel de la titulación, la nacionalidad o residencia del estudiante y otros criterios. Por favor, póngase en contacto con la Oficina de Admisión de la Universidad FASTA para obtener información detallada sobre una política de selección de admisión específica y la tasa de aceptación; la información de admisión de la Universidad anterior es sólo indicativa y puede no estar completa o actualizada.
Formato multi fasta
FASTA es un paquete de software de alineación de secuencias de ADN y proteínas descrito por primera vez por David J. Lipman y William R. Pearson en 1985[1]. Su legado es el formato FASTA que ahora es omnipresente en la bioinformática.
El programa FASTA original se diseñó para la búsqueda de similitudes de secuencias de proteínas. Debido a la expansión exponencial de la información genética y a la velocidad y memoria limitadas de los ordenadores, en los años 80 se introdujeron métodos heurísticos que alineaban una secuencia de consulta con bases de datos completas. FASTA, publicado en 1987, añadió la posibilidad de realizar búsquedas ADN:ADN, traduciendo las búsquedas proteína:ADN, y también proporcionó un programa de barajado más sofisticado para evaluar la significación estadística[2] Hay varios programas en este paquete que permiten la alineación de secuencias de proteínas y secuencias de ADN. En la actualidad, el aumento del rendimiento de los ordenadores permite realizar búsquedas para la detección de alineamientos locales en una base de datos utilizando el algoritmo de Smith-Waterman.
Línea de tiempo de los mapeadores (desde 2001). Los mapeadores de ADN se representan en azul, los de ARN en rojo, los de miARN en verde y los de bisulfito en morado. Las líneas de puntos grises conectan los mapeadores relacionados (extensiones o nuevas versiones). La línea de tiempo sólo incluye mapeadores con publicaciones revisadas por pares, y la fecha corresponde a la fecha más temprana de publicación (por ejemplo, la fecha de publicación avanzada en lugar de la fecha de publicación)
